腦科學研究所之課程包括臨床神經及精神科學、神經資訊與造影學及實驗神經學，希望透過本所師資之學術研究專長，結合醫學、腦神經科學、資訊科學、與電機工程等領域的教研特色，利用合聘制度遴聘相關師資，提供多樣化、跨領域的專業課程。修業的學生可根據研究興趣選擇論文指導教授，並根據研究方向修習所需之基礎必修課程與專業領域選修課程。